作为一所以高品质教育为核心的初中新实验学校，东莞市南开实验学校以一流的教育资源，引领东莞市民办初中教育风向，2019年更跻身全市民办教育十强校之列。
学校以种子教育理念为指导，注重培养学生的综合素质，提高学生的自主学习能力和学习习惯。在课堂教学方面，学校借鉴国际领先教学方法，引入PBL项目制全英文教学等新兴教学方式，使学生在充足自由的学习环境中感知未来职场需求，达到情感体感与思维融合的最佳状态。
学校注重身心健康，打造多元化教育。在学校食堂，学校配备专业食品顾问，为学生提供营养均衡，口味良好的餐饮，用行动告诉学生：我们关注你们的健康。此外，学校还引进新型平衡车和声控机器人教学课程，开拓学生的视野。
学校特别注重文化底蕴的传承，创办“南开实验文化节”，不仅延续了南开大学百年文化，更是为学校文化建设注入新的活力和源泉，让学生在地道文化氛围中塑造自身价值观。
