南京医科大学研究生院是经教育部批准确立的，是南京医科大学研究生教育的重要组成部门，是学校培育硕士、博士和博士后人才的重要阵地。研究生院设有5个研究生教育学科门类，涵盖医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学，拥有31个硕士学位授权一级学科，涵盖临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、照顾护士学等多个领域。同时设有13个博士学位授权一级学科，10个博士后流动站。
南京医科大学研究生教育的教学目的是：培育德才兼备、掌握专业基本理论和实践手艺、具有扎实的基础知识和广漠的科学视野、掌握自主学习和延续生长的能力、具有创新性和实践能力，能在医学、生物医学和生命科学等领域从事科研和高条理人才培育及临床、治理、手艺等方面事情的专业人才。
南京医科大学研究生院注重学科交织和人才培育质量，常年与海内外知名高校和研究机构保持联系和交流，确立了一批科研平台和研究中心，提供了强盛的办学条件和研究资源，近年来科研水平和人才培育质量延续提高，发生了一大批高条理、全面生长的人才，受到社会各界普遍赞誉。
